Значительную территорию национального парка занимают лесные древесно- кустарниковые экосистемы, т.е. покрытые лесом угодья площадью 81549,2 га что составляет 22,9% от общей площади (356022га) нацпарка. Основными породами деревьев в лесных массивах Жонгар Алатауского ГНПП являются - яблоня Сиверса , ель Шренка, осина, береза и пихта сибирская. Из общей площади древесных пород (41 318,1 га) ель Шренка занимает 23 111,2 га (55,9%), осина – 8 205,4 га (19,9%), яблоня Сиверса – 3 563,9 га (8,6%), береза – 3 227,6 га (7,8%), пихта – 2 664,1 га (6,4%), из кустарников наибольшую площадь занимает можжевельник – 27 833,8 га или 69,2% от общей площади кустарников.
Основная ценность лесов нацпарка заключается в их противоэрозионной, почвозащитной, водоохранной, водорегулирующей, эколого-эстетической, а также рекреационной и бальнеологической функциях.
Отмечено, что на территории с заказным режимом в пределах парка возможно частичное использование природных ресурсов при условии сохранения естественного состояния ландшафта и природных условий парка. Улучшение санитарного состояния лесов является важнейшей мерой оптимизации их экологического состояния.
Для определения состояния основных лесообразующих пород деревьев в Жонгар Алатауском ГНПП в условиях воздействия антропогенных факторов и наличия экологических проблем будут проводиться экосистемные наблюдения с учетом характера рельефа, направления хребтов, амплитуды высот, климатических особенностей, особенностей почвенно-растительного покрова (смена растительных зон и поясов), будут выделены мониторинговые участки, определено их местоположение, а также в свободной форме будет проведен общий анализ состояния древесно-кустарниковых растений.
Основные лесообразующие породы в нацпарке: яблоня Сиверса, яблоня Недзвецкого ель Шренка, пихта сибирская, можжевельник, осина и береза повислая.Также особый интерес представляет произрастание березы тяньшаньской. Невысокое многоствольное дерево 3-4 м высоты, с розоватой корой,плодущие сережки до 1,8 см длины, обитают горные склоны, берега рек, особенно среди хвойных лесов встречаясь единичными особями, что говорит о субвидном положении таксона и необходимо проведения исследования.
