На территории Жонгар Алатауского ГНПП обитают 49 видов млекопитающих, относящихся к 16 семействам и 7 отрядам, 170 видов птиц относящихся 44 семействам и 16 отрядам, 661 видов беспозвоночных относящихся к 71 семействам, 12 отрядам и 2 типам.
Из них 6 видов млекопитающих, 13 видов птиц, 7 видов беспозвоночных занесены в Красную книгу РК.
