В здании управления «Жонгар-Алатауского ГНПП» расположен музей природы площадью 56 м2. Музей природы основан в 2015 году на базе природного уголка национального парка.
Целью музея природы является сбор, изучение материалов, относящихся к флоре и фауне национального парка, пропаганда посетителям национального парка идеи сохранения биологического разнообразия, проведение экологических экскурсий и лекций для посетителей нацпарка, школьников и студентов колледжей по направлению экологического просвещения.
В музее природы национального парка собраны фотоматериалы флоры и фауны. Имеются информационные уголки об ученых, изучавших дикорастущую яблоню мирового значения Казахстана - родоначальнице всех культурных сортов яблони мира - яблоне Сиверса, - А. Жангалиев, К. Карибаева, М. Исин.
В музее природы «Жонгар-Алатауского ГНПП» собраны фотоматериалы флоры и фауны нацпарка. А также сохранены творческие работы школьников, которые активно принимали участие в экологических акциях и конкурсах.
Посетители музея – школьники, студенты колледжей, местные жители, казахстанские и зарубежные туристы.