По данным флористических обследовании кандидата биологических наук В.П.Голоскокова в Жонгарском Алатау встречается 2168 видов растений относящиеся к 622 семействам, 112 родам, из них 76 видов эндемики произрастающие только на этом хребте. На территории Жонгар Алатауского государственного национального природного парка встречается не менее 75% из вышеуказанного, точнее более 1600 видов. Но окончательный показатель может быть больше, так как на данный момент научные сотрудники природного парка встречают виды, соответствующие по ареалу произрастания и экосистемам, не включенные в список В.П.Голоскокова. Эти данные показывают богатство и разнообразие растительных сообществ парка.
Таксономический список растений произрастающих на территории парка включает 845 видов. Их них низшие растения, то есть водоросли 74 вида относящихся к 33 семействам и 28 родам. А 771 вид - высшие сосудистые растения, относящиеся к 320 родам и 84 семействам. 56 видов эндемики, а 26 видов включены в Красную книгу РК. Так же 13 видов являются реликтами.
