Ұлттық парктің басқарма ғимаратында ауданы 56 м² құрайтын табиғат мұражайы орналасқан. Табиғат мұражайы ұлттық парктің табиғат бұрышы негізінде 2015 жылы құрылған.
Табиғат мұражайының мақсаты – ұлттық парктің флора мен фаунаға қатысты материалдарды жинау, зерттеу, ұлттық паркке келушілерге биологиялық әртүрлілікті сақтау идеясын насихаттау, экологиялық ағарту бағыты бойынша ұлттық паркке келушілерге, мектеп оқушылары мен колледж студенттеріне экологиялық экскурсиялар мен дәрістер өткізу.
Табиғат мұражайында ұлттық парктің флора мен фаунасы туралы фотоматериалдар жинақталған.
Бүкіләлемдік маңызы зор Қазақстанның жабайы алмасы – әлемдегі алмалардың қолдан өсірілетін мәдени түрлерінің түп атасы – Сиверс алмасын зерттеген ғалымдар: А. Жанғалиев, Қ. Кәрібаева, М. Исин туралы ақпараттық бұрыштары бар.
«Жоңғар-Алатауы МҰТП» табиғат мұражайында фото және бейне-материалдар жинақталған. Бұл материалдар адамның тіршілік әрекетінің табиғи ағымында өрескел араласпастан алынған жануарлардың өмірі туралы құнды ақпарат береді. Сонымен қатар, табиғат мұражайында экологиялық акцияларға мен байқауларға белсене қатысқан оқушылардың шығармашылық жұмыстары сақталған.
Мұражайға келушілер – мектеп оқушылары, колледж студенттері, жергілікті тұрғындар, қазақстандық және шетел туристтері.