"Жоңғар Алатауы мемлекеттік ұлттық табиғи паркінің" 2021-2025 жылдарға арналған ғылыми-зерттеу жұмыстарының жоспары орман шаруашылығы және жануарлар дүниесі комитетінің 28.01.2021 жылғы № 27-5-6/19 бұйрығымен бекітіліп, Білім және ғылым министрлігінің Ғылым комитетімен (09.01.2021 ж.№11/16-7 хаты) келісілген. Осы жоспарға сай Ғылым бөлімінің қызметкерлері келесі бағыттарда Ғылыми Зерттеу жұмыстарын атқаруда: «Жоңғар Алатауы» МҰТП табиғи кешеніндегі құбылыстар мен процесстерді бақылау және Табиғат жылнамасы кітабын жүргізу (Орындаушылар: Ғылым бөлімінің қызметкерлері); «Жоңғар Алатауы МҰТП аумағындағы мысықтар тұқымдасының экологиялық жағдайы» (Орындаушы: «Жануарлар дүниесін қорғау және өсімін молайту» бөлімінің басшысы Молдахан Ж.); «Жоңғар Алатауы» МҰТП аумағындағы Тянь Шань қоңыр аюының қазіргі уақыттағы таралу аумағы мен саны» (Орындаушы: «Жануарлар дүниесін қорғау және өсімін молайту» бөлімінің аңшылықтанушысы Кумарғалиев Ж.); «Жоңғар Алатауы» МҰТП флорасына түгендеу жүргізу және сирек кездесетін және жойылу қаупі бар өсімдік түрлері популяциясының жағдайын зерттеу» (Орындаушы: Ғылым бөлімінің басшысы Нургожанова Ж.С.); «Жоңғар Алатауы» МҰТП аумағында таралған жәндіктердің түгендеуі» (Орындаушы: Ғылым бөлімінің аға ғылыми қызметкері Канапьянова А.Н.).
Ғылыми тақырыптар бойынша ғылыми зерттеу жұмыстары Қазақстан Республикасы Экология және табиғи ресурстар министрінің 2024 жылғы 17 маусымдағы №124 бұйрығымен өзгерістер енгізілген АШМ 13.03.2012 ж. № 25-02-01/94 бұйрығымен бекітілген «Табиғат қорғау мекемелерінде ғылыми қызмет және ғылыми зерттеулер ұйымдастыру және жүргізу қағидасына» сәйкес жүргізілді. Тақырыптар бойынша аралық жылдық есеп құрастырылып, жоспардағы орындалу мерзіміне сәйкес уәкілетті органға тапсырылды.
