Ұлттық парктің едәуір аумағын орманды ағаш-бұта экожүйелері алып жатыр, яғни орманмен қамтылған жерлердің ауданы 81549,2 га, бұл ұлттық парктің жалпы ауданының (356022га) 22,9% -ын құрайды.
Жоңғар Алатауы МҰТП-нің орманды жерлердегі негізгі ағаш тұқымдары Сиверс алмасы, Шренк шыршасы, көктерек,қайың, самырсын болып табылады. Ағаш тұқымдарының жалпы ауданының (41318,1 га), Шренк шыршасы 23111,2 га (55,9%),көктерек 8205,4 га (19,9%), Сиверс алмасы – 3563,9га (8,6%), қайың - 3227,6га (7,8%), самырсын -2664,1га (6,4%), бұталардан ең үлкен аумақты арша 27833,8га немесе бұталардың жалпы алаңының 69,2% алып жатыр.
Жоңғар Алатауы МҰТП-ндегі негізгі орман құраушы ағаш түрлерінің жағдайын антропогендік факторлар мен экологиялық проблемалар бойынша анықтау мақсатында экожүйелік бақылаулар: рельеф сипатына, жоталардың бағытына, биіктік амплитудасына, климаттық ерекшеліктеріне, топырақ пен өсімдік жамылғысының ерекшелігіне (өсімдіктердің зоналар мен белдеулерінің ығысуы) назар аудару, бақылау жүргізу, мониторингтік алаңдар қарастырылып, орындары анықталып, еркін нысанда ағашты-бұталы өсімдіктердің жағдайына жалпы талдау жүргізілетін болады.
Парк ормандарының негізгі құндылығы олардың эрозияға қарсы, топырақты қорғау, су қорғау, суды реттеу, экологиялық және эстетикалық, сондай ақ рекреациялық және бальнеологиялық функцияларды орындау болып табылады.
Парк аумағында тапсырыс режимі бар аймақтарда ландшафтың жай күйін бұзбауы және парктің табиғи жағдайларын нашарлатпауы шартымен табиғи ресурстарды ішінара пайдалану мүмкін екендігі ескеріледі. Ормандардың санитарлық жай күйін жақсарту олардың экологиялық жай күйін жақсартудың негізгі өлшемі болып табылады.
Жоңғар Алатауы МҰТП-ндегі негізгі орман құраушы ағаш түрлері: Сиверс алмасы, Недзвецкий алмасы, Шренк шыршасы, сібір самырсыны, арша, көктерек және қотырқайың. Сонымен қатар, тяньшань қайыңының, кездесуі қызығушылық тудырады. Бойы биік емес 3-4 м, қабығы қызғылт, тұқым беретін сырғасының ұзындығы 1,8см, сирек, жалқы түрде,жеке-дара кездеседі, демек мұның өзі оның жеке түр екендігін көрсетеді және зерттеуді қажет етеді.
