2010 жылдың 30 сәуірінде Қазақстан Республикасы Үкіметінің №370 қаулысына сәйкес Сарқан, Лепсі, Көкжар, Үйгентас орман шаруашылығы мемлекеттік мекемелерін біріктіру арқылы Қазақстан Республикасы орман және аңшылық шаруашылығы комитетінің «Жоңғар-Алатауы мемлекеттік ұлттық табиғи паркі» республикалық мемлекеттік мекемесі құрылған болатын. Алакөл, Сарқан, Ақсу аудандарының аумағында құрылған парктің жалпы ауданы 356022 гектар. Парктің негізгі қызметі әлемдік маңызы бар генетикалық ресурстардың көзі болып табылатын бірегей алма ормандарын (Сиверс алма ағашы) сақтауға және қалпына келтіруге ерекше назар аударылады. МҰТП жалпы ауданының 1,05% - Қазақстан Республикасының Қызыл кітабына және халықаралық табиғатты қорғау одағының Қызыл тізіміне енгізілген Сиверс алма ағашының жабайы жеміс орман алқаптары алып жатыр.
«Жоңғар-Алатауы МҰТП» Жетісу Алатауының солтүстік жотасының батысынан шығысына дейін 300 км созылып жатыр. Жетісу (Жоңғар) Алатауы тау жүйесінің ең биік нүктесі – Бесбақан тауы (Семенов-Тянь-Шань шыңы) теңіз деңгейінен 4622 м биіктікте орналасқан.
Жоңғар-Алатауы мемлекеттік ұлттық табиғи паркі экологиялық, мәдени-тарихи және эстетикалық құндылығы жоғары табиғи таулы ландшафттарды өз қалпында сақтап қалу мақсатында құрылған.
Көрікті табиғат көріністерінен басқа, бұл аймақ өсімдіктер және жануарлар әлемімен де қызықты. Өсімдіктердің жалпы саны 2000 түрден асады, оның ішінде 95 түрі эндемик өсімдіктер. Тауда сирек кездесетін эндемиктерден басқа, оңтүстік пен солтүстік түрлерге жататын жануарлар мен өсімдіктерді кездестіруге болады. Көлдерді қоршап тұрған ормандар мен аңғарларда жануарлардан: марал, елік, қабан, борсық, қоян, түлкі және қасқыр мекендейді. Альпі шалғындарында аю мен суырды, ал одан да жоғары, жартастарда – арқар мен тауешкіні, таутекелерді көруге болады. Мұнда Тянь-Шаньның аңызға айналған жыртқышы – қар барысы да мекендейді. Сүтқоректілердің 50-ге жуық түрі, құстардың 170-ке жуық түрі кездеседі.
Ұлттық табиғи паркіміздің табиғи, тарихи және мәдени мұрасы мен биологиялық алуантүрлілікті сақтау, табиғатқа қамқорлық жасау басты міндетіміз!
