Ұлттық парк бірегей табиғи кешендерге, биологиялық әртүрлілікке, сонымен қатар тарихи-мәдени мұраға да бай. Ұлттық парктің негізгі бағыттарының бірі - экологиялық туризмді дамыту. Қазіргі уақытта парк аумағында 13 туристік маршрут, 2 экологиялық соқпақ жұмыс істейді:
№ 1 Туристік маршрут «Этнографиялық тур» (Жоңғар-Алатауының тарихи жерлері);
№ 2 Туристік маршрут «Төменгі Жасылкөл»;
№ 3 Туристік маршрут «Ғылыми-танымдылық туры» ( Сиверс алма ағашының табиғи жабайы түрде өсетін ормандар алқабы);
№4 Туристік маршрут «Шумский мұздығы»;
№5 Туристік маршрут «Жоғарғы Жасылкөл»;
№6 Туристік маршрут «Сарқан орман тұқымбағы»;
№7 Туристік маршрут «Лепсі орман тұқымбағы»;
№8 Туристік маршрут танымдық –рекреациялық тур «Карбушка және оның әсемдігі»;
№9 Туристік маршрут «Черная речка» шатқалы;
№10 Экологиялық соқпақ «Щеки» (Лепсі және Ағынықатты өзендерінің біріккен сағасы);
№11 Экологиялық соқпақ «Көкжар шатқалы» ;
№12 Туристік маршрут «Аттапқан шатқалы»;
№13 Туристік маршрут «Жамантас шатқалы»;
№14 Туристік маршрут «Көкжота шатқалы»;
№15 Туристік маршрут «Ақкөл көлі».
2024 жылы ұлттық паркке 6392 турист келді. Бұл ұлттық паркте демалушылар саны жыл санап артып келе жатқанының көрінісі.
