В 2025 году в Жонгар-Алатауском ГНПП проведен фитосанитарный мониторинг лесных и дикоплодовых участков на площади более 20 000 гектар.
Одним из главных заболеваний стала парша яблони — грибковое заболевание, охватившее более 11 тысяч гектаров дикоплодовых насаждений. Несколько локальных вспышек зарегистрировано на разных участках парка:
Черёмуховая моль (Yponomeuta evonymella) мойыл ақкіс күйе көбелегі— на 60 гектарах. Яблонная моль (Уponemeuta malinellus), алма аққіс күйе көбелегі— небольшое поражение (2 га), очаг идёт на спад.
Дубовый минирующий пилильщик Profenusa pygmaea — выявлен на 2 гектарах, также выявлены осиновый листоед (Chrysomela tremulae), акациевая ложнощитовка (Parthenolecanium corni- қараған жалған сымыры).
Чтобы сдержать распространение заболеваний и вредителей, на территории парка предпринят комплекс мер:двукратная обработка садов биопрепаратами, санитарная рубка заражённой осины (5,6 га), специалистами парка ведется мониторинг очагов вредителей.
По итогам сезона 2025 года санитарное состояние лесов Жонгар-Алатауского ГНПП оценивается как удовлетворительное. Очаги заболеваний локализованы, угрозы массового распространения предотвращены.
