В настоящее время в национальном парке функционирует 13 туристских маршрутов и 2 экологические тропы.
1) Туристский маршрут №1 "Этнографический тур" (По историческим местам Жонгар-Алатау);
2) Туристский маршрут №2 "Озеро Нижний Жасылколь";
3) Туристский маршрут №3 2Научно-познавательный тур" (По местам произрастания естественных дикоплодовых насаждений яблони Сиверса);
4)Туристский маршрут №4 "Ледник Шумского";
5) Туристский маршрут №5 "Озеро Верхний Жасылколь";
6) Туристский маршрут №6 "Сарканский лесной питомник";
7) Туристский маршрут №7 "Лепсинский лесной питомник".
8) Туристский маршрут №8 "Карбушка и ее красоты"(рекреационно-познавательный тур);
9) Туристский маршрут №9 Урочище "Черная речка";
10) Экологическая тропа №10 "Щеки" (место слияния р.Лепсы и р.Агыныкатты);
11) Экологическая тропа №11 Урочище "Кокжар";
12) Туристский маршрут №12 Урочище "Аттапкан";
13) Туристский маршрут №13 Урочище" Жамантас";
14) Туристский маршрут №14 Урочище "Көкжота";
15) Туристский маршрут №15 озеро "Ақкөл".
